琉球群島在17,000年前的石器時代即有人居住，沖繩本島上發現的沖繩港川人之化石人骨，被推定為日本人最早的遺骨。其後，在距今約12,000到10,000年前居住在日本全境的繩文人，其故鄉更被認為就是港川人所居住的沖繩本島。目前分布在北海道最北邊的愛奴人與西南琉球群島上的原住民，也都被認為是繩文人的後代。因此，繩文人可謂日本群島上的原住民，且發源於琉球。

不過，琉球早期的歷史已很難考證。中國自隋朝起就有關於「流求國」的記載，流求／流虯／琉球的概念在隋代至元代期間，一直在琉球群島和臺灣島之間擺盪，直至明朝因統一的琉球國的建立和「台灣」一詞的出現，「琉球」一詞開始專指目前的沖繩島。日本則是自平安時代開始出現一些對琉球等島嶼的記載。琉球本土的史籍則記載天孫、舜天、英祖三個王朝，然而這三個王朝都有一定程度的傳説性質，究竟是否曾經存在，學界至今仍有爭議。