從相關記載可以得知，琉球群島上的居民最遲在12世紀（約當中國南宋時代），從原始社會邁入早期的氏族社會，並在各地形成小型的政治集團。這些政治集團各自建立防禦用的城池，琉球從而步入城邦時代。因為各城池的領主自稱「按司」，故又稱按司時代。由於從當時出土的遺物中，發現鐵器與碳化的榖物，可見此時期琉球已經進入農業社會。復由於中國的路上絲路為西夏阻斷，於是轉向海洋發展貿易，所以這個時候可能逐漸增加與琉球的接觸。

至12世紀末，琉球各地政治集團經過互相兼併，逐漸形成南山、中山、北山三國，分據沖繩本島的南部、中部和北部，故稱「三山時代」。

南山、中山、北山三國的勢力並未延伸到南方的八重山與宮古群島。其中，南山王國以大里按司為中心，包括大里、佐敷、知念、玉城、具志頭、東風平、島尻大里、喜屋武、摩文仁、真壁、兼城與豐見等城，疆域與今日沖繩島南端國場川—與那原一線以南的地域大致相當。中山王國以首里按司為中心，包括浦添、首里、那覇、北谷、讀谷、越來、中城、勝連與具志川，疆域南至國場川—與那原一線，北至仲泊地峽。北山王國以今歸仁按司為中心，包括今歸仁、羽地、名護、國頭、金武、伊江、伊平屋（伊是名）各城，以沖繩島仲泊地峽以北的部分，和附近的伊江島和伊平屋島為其疆域。

1372年，明太祖朱元璋遣楊載向琉球三國發布詔諭，中山國國王察度派其弟泰期出使明朝，從此中山國每年都遣使入貢中國。1383年，北山王帕尼芝和南山王承察也相繼向明朝進貢。不過明朝僅承認中山王為正式的琉球國王。1390年，宮古島領袖、那霸勢頭豐見親與八重山領袖，先後入貢中山國。1392年，為獲得打造大型船隻的技術，以避免入貢使者遭受船難，琉球接受朱元璋派遣之擅長造船航海技術的福建三十六姓移居島上的久米村。