1609年，薩摩藩得到將軍德川家康的允許出兵征討琉球，僅花一個月便攻取琉球，俘虜尚寧王及其臣子，史稱「慶長之役」。兩年後尚寧王君臣被迫在鹿兒島簽訂《掟十五條》：琉球歸薩摩藩管轄且需向其進貢，琉球並割讓奄美群島，被迫授予薩摩藩所派人員官品職位，從此在政治上受到日本的宰制。1632年，薩摩在琉球島嶼建立館舍，威脅尚寧王之後的尚豐王，要求兩國同時派官員管理來往貿易和收稅，薩摩藩向琉球派遣官員長駐琉球，以監視琉球的舉動，琉球王國就此淪為薩摩藩的傀儡政權。然而，由於日本當時無法直接與中國貿易，依此表面上保持「琉球王國」的獨立地位，並對琉球臣屬薩摩一事秘而不宣，甚至仍允許琉球接受明朝的冊封，琉球國際地位因此成為「兩屬」。

1644年明亡，琉球與中國的關係日轉淡薄。1654年，琉球王遣使臣到清朝請求冊封。儘管清順治帝封第十代尚質王為琉球王，琉球國只是表面上成為清王朝的藩屬，但實際上對薩摩藩稱臣。琉球與清朝官方繼續朝貢貿易，卻被實際宗主薩摩藩剝削一次。該藩也是幕府宣佈鎖國以後，唯一能以此變相方式獲得國際貿易收入的私藩，薩摩藩在兩百年後的幕末時代能有足夠的資本成為倒幕運動主力，進而成為維新政府的主事者之一，與此不無關聯。

1847年，最後一位琉球國王尚泰王繼位。1853年5月，美國海軍准將佩里所率領的艦隊第一次到達琉球。1854年3月，佩里在《神奈川條約》的簽訂過程中，要求日本開放琉球的那霸港口。日方為保全其主權利益，對佩里表示琉球是個遙遠的國家，無權決定其港口開放權，於是美國乃決定直接與琉球國簽約。1854年7月11日，佩里與琉球國政府以漢文、英文兩種文字簽訂《琉美修好條約》，雙方同意開放那霸港口，琉球海上貿易受到衝擊。

琉球與中國的關係發展至1866年已難以為繼，清政府不再遣冊封使赴琉球，琉球也不再入貢中國。此時，琉球幾乎喪失作為日本與中國之間貿易中轉站的價值。1871年《中日修好通商條約》簽訂以後，日本與清中國正式建立貿易關係，維持琉球兩屬地位已經沒有意義。但是琉球在日本政府心目中的定位，也已有所改變；因為當時日本外有強敵環伺，維新變法後初期國內政情也不穩定，因此試圖以外事轉移內政問題，而開始一步步將琉球納入治下。

1868年日本明治維新之後，改行中央集權，各地舊藩紛紛上表「版籍奉還」，也就是將土地與人民回歸中央，琉球與薩摩藩的宗屬關係亦告終而回歸明治政府轄下。然此時琉球仍與清朝中國保有名義上的宗屬關係，且不久之前尚以清朝咸豐年號分別與美國（即前述《琉美修好條約》）、法國、荷蘭三國訂定通商條約。於是琉球的歸屬問題，便成為明治政府成立後，中、日交涉的首要議題。

前述1871年兩國締結的《中日修好通商條約》，並未觸及琉球問題。不過日本旋即於同年施行「廢藩置縣」，將各藩改為由中央直轄之各縣；薩摩藩改制鹿兒島縣，琉球則改制琉球藩，暫歸於鹿兒島縣治下。此後日本更企圖將日、琉關係轉變為日本國內事務。